Mitte des 13. Jahrhunderts, vermutlich im Jahre 1249, erbaute Graf Rudolf von Habsburg, der gerade seine Besitzungen in Richtung Schwarzwald erweiterte, die Stadt Waldshut. Erstmals erwähnt wurde Waldshut in einer 1256 im Kloster St. Blasien ausgestellten Schlichtungsurkunde. Schon bald wurde die Stadt zum Sitz des vorderösterreichischen Waldvogts.
Im Jahre 1468 wurde Waldshut von schweizerischen Truppen belagert. Glücklicherweise fand dieses Ereignis mit einem Friedensvertrag ein gutes Ende und die Stadt blieb verschont.
Im Jahre 1492 vernichtete ein verheerender Stadtbrand insgesamt 182 Häuser.
Während des Bauernkriegs 1524/25 schloss sich ein Großteil der Waldshuter Bevölkerung, angeführt von Pfarrer Balthasar Hubmaier, der Reformation an. Die Stadt musste sich jedoch schon bald wieder Österreich unterwerfen und verlor dabei viele Privilegien, die es nach und nach zurück erhielt.
Die Pestepidemie 1611 forderte in Waldshut 568 Opfer.
Ab 1633 war die Stadt im Dreißigjährigen Krieg mehrfach von schwedischen und französischen Truppen besetzt.
Ein erneuter großer Stadtbrand zerstörte 1726 44 Häuser, darunter auch das Rathaus.
Erneut belagert wurde Waldshut, als Regierungsstadt des Hauses Österreich, von Bauern des Waldvogteigebietes während den Salpetereraufständen von 1727 bis 1748.
Im Jahre 1806 erfolgte dann die Loslösung vom Haus Habsburg und der Anschluss an das Land Baden.
Französische Truppen besetzten die Stadt im Jahre 1945, die Evakuierung konnte aber verhindert werden.
Waldshut wurde 1963 zur Partnerstadt von Blois (Frankreich) und 1973 von Lewes (England).
Im Rahmen der Gemeindereform 1975 wurden Waldshut, Tiengen und Gurtweil mit den zugehörigen Ortsteilen zu einer Stadt vereint, die seit dem 1. Juli 1976 die Große Kreisstadt Waldshut-Tiengen ist.
